Законопроект вызвал много споров в медицинском сообществе, так как в его первой версии упоминались конкретные виды товаров и услуг, в том числе лекарства. Кроме того, обсуждение закона спровоцировало дискуссию об эффективности импортозамещения в России и о том, кто за него должен отвечать.

В последней версии закона не упоминаются виды продукции, которые могут подпасть под контрсанкции, а также прописано, что меры воздействия не применяются  в отношении жизненно необходимых товаров, аналоги которых не производятся в РФ.

Во время рассмотрения проекта во втором чтении не все депутаты Госдумы согласились с перспективой ограничения ввоза лекарств, даже если у них есть аналоги.

В частности, Алексей Куринный из фракции КПРФ считает, что к лекарствам и медизделиям вообще не должны применяться контрсанкции, так как аналоги не всегда так же эффективны, как оригиналы. Его поддержал коллега Олег Смолин, который предложил выносить вопрос о запрете лекарств на общественное рассмотрение, чтобы профильные сообщества и больные могли высказаться, насколько аналог лекарства эффективен. Парламентарии вынесли свои предложения на отдельное голосование, однако их отклонили.