Первым о назначении сообщило издание D-Russia.ru.

С 1999 по 2007 год Павел Пугачёв работал в Росстандарте, затем до 2010 года руководил реализацией проектов «Федеральный портал управленческих кадров» в системном интеграторе «РБК Софт». В 2010–2012 годах он был сотрудником Министерства связи и массовых коммуникаций РФ (сейчас Министерство цифрового развития, связи и массовых коммуникаций РФ), параллельно участвовал в организации работ по видеотрансляции выборов Президента РФ.

В июле 2012 года Павел Пугачёв перешел на работу в Администрацию Президента РФ, заняв должность заместителя начальника Управления по применению информационных технологий и развитию электронной демократии (с 2018 года – Управление Президента РФ по развитию информационно-коммуникационных технологий и инфраструктуры связи).

В 2017 году входил в состав рабочей группы по подготовке 242-ФЗ «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации по вопросам применения информационных технологий в сфере охраны здоровья», определившего правовые основы для создания и внедрения ЕГИСЗ и регулирования применения телемедицинских технологий.

В Минздраве РФ Павел Пугачёв, ставший девятым заместителем Михаила Мурашко, будет курировать развитие цифрового контура в здравоохранении. Ранее это входило в обязанности Елены Бойко, отправленной в отставку в конце января 2020 года.