В 2012 году, после разделения Минздравсоцразвития на два отдельных ведомства, у министра здравоохранения сохранились пять заместителей. В мае 2013 года Правительство РФ своим постановлением учредило в ряду замминистров шестую позицию, которая оставалась вакантной до марта 2018 года, пока на эту должность не был назначен Олег Салагай, до этого исполнявший функции пресс-секретаря Вероники Скворцовой.

В августе 2018 года Медведев подписал постановление, увеличивающее число заместителей министра до семи человек, и в течение полугода добавившаяся должность оставалась вакантной. В январе 2019 года седьмым заместителем Скворцовой стала директор Департамента цифрового развития и информационных технологий ведомства Елена Бойко, курирующая создание «цифрового контура» в здравоохранении.

В марте 2019 года число заместителей министра выросло до восьми человек, месяц спустя на эту должность была назначена директор Департамента медицинского образования и кадровой политики Минздрава РФ Татьяна Семенова.

В январе 2020 года, после кадровой ротации в правительстве и назначения Михаила Мурашко главой Минздрава РФ, пост замминистра здравоохранения РФ покинула Елена Бойко, а на должность заместителя министра перешел экс-глава Федерального медико-биологического агентства Владимир Уйба.

Таким образом, на сегодняшний день Михаилу Мурашко помогают восемь чиновников – первый заместитель министра Татьяна Яковлева, статс-секретарь Дмитрий Костенников, заместители Евгений Камкин, Сергей Краевой, Наталья Хорова, Олег Салагай, Татьяна Семенова и Владимир Уйба.

В начале февраля 2020 года министр здравоохранения Приморского края Виктор Фисенко написал заявление об увольнении по собственному желанию с 10 февраля. Такое решение министр, занимающий также пост заместителя председателя правительства края, принял в связи с переходом на другое место работы. По данным местных СМИ, чиновнику предложили должность в федеральном Минздраве.