Елена Бойко закончила Новосибирский государственный технический университет. В 2005 году она прошла профессиональную переподготовку по Федеральной программе подготовки управленческих кадров для организаций народного хозяйства РФ, а в 2011 году обучалась по программе MBA в школе менеджмента в Бельгии.

С 2006 года по ноябрь 2012 года работала руководителем отдела бизнес-сопровождения в ГК «ЦФТ – Центр финансовых технологий», ЗАО «Золотая корона». В ноябре 2012 года перешла в Министерство связи и массовых коммуникаций РФ в должности заместителя директора Департамента государственной политики в области информатизации органов власти. На этой позиции Бойко отвечала за развитие медицинских сервисов на Едином портале государственных и муниципальных услуг.

В августе 2014 года она перешла на работу в Минздрав РФ, где возглавила департамент информационных технологий. Основной задачей, поставленной перед подразделением, было внедрение ЕГИСЗ в кооперации с ГК «Ростех», НИИ «Восход» и «Ростелекомом».

В конце декабря 2018 года Елена Бойко была назначена на должность заместителя министра здравоохранения РФ, курирующего построение цифрового контура в здравоохранении.

В сентябре 2019 года Бойко вошла в состав президиума рабочей группы по содействию в реализации новых инвестиционных проектов при Правительстве РФ и подкомиссии по развитию искусственного интеллекта Правительственной комиссии по цифровому развитию, использованию информационных технологий для улучшения качества жизни и условий ведения предпринимательской деятельности.