Второе чтение законопроекта запланировано на 18 декабря 2018 года. Комитет Госдумы по охране здоровья подготовил ряд изменений к проекту документа, попытавшись учесть критические замечания врачей, экспертов и представителей различных ассоциаций. 

Несколько изменилось определение клинических рекомендаций – в нынешней редакции они содержат не только «основанную на научных доказательствах структурированную информацию по вопросам профилактики, диагностики, лечения и реабилитации», но и протоколы лечения пациента и «варианты применения медицинского вмешательства». Кроме того, теперь клинрекомендации должны содержать перечень услуг в соответствии с номенклатурой. 

Критериев отбора разработчиков клинрекомендаций, на необходимость которых указывали ранее участники отрасли, в обновленном документе нет, но появилось подробное описание одобряющего органа – научно-практического совета Минздрава. В него войдут представители подведомственных уполномоченному федеральному органу исполнительной власти научных организаций, образовательных организаций высшего образования, медицинских организаций. 

Совет будет рассматривать разработанные медицинской профессиональной некоммерческой организацией клинрекомендации, а также решать спорные вопросы, например, если для одного и того же заболевания будут разработаны два варианта рекомендаций разными НКО.

Пересматривать клинические рекомендации предлагается не реже одного раза в три года. Закон вступает в силу с 1 января 2019 года.

В апреле 2018 года председатель Правительства РФ Дмитрий Медведев подписал распоряжение о внесении в Госдуму проекта поправок к ФЗ-323 «Об охране здоровья». Документ утверждает клинические рекомендации в новом статусе – они станут обязательными для исполнения. В мае Правительство РФ направило на рассмотрение Госдумы проект поправок к закону. После того как он будет принят, клинические рекомендации будут учитываться при организации оказания медпомощи. Более того, на основе клинических рекомендаций будут формироваться критерии оценки качества медпомощи.