Руководители федеральных клиник ФМБА могут потерять свой пост, если в организации обнаружатся не погашенные в течение двух месяцев задолженности по заработной плате и иным выплатам персоналу, а в течение трех месяцев – долги по налоговым и иным платежам в бюджеты РФ и фонды, перед поставщиками и подрядчиками, а также если в течение того же периода просроченная общая кредиторская задолженность превысила стоимость активов учреждения (за исключением стоимости особо ценного движимого и недвижимого имущества).

Соответствующие условия включат в трудовые договоры со специалистами, они будут отчитываться о наличии долгов каждый квартал, прикладывая пояснительную записку с причинами ситуации, а также мероприятиями по ее исправлению. Окончательное решение об увольнении сможет принять только глава ведомства Вероника Скворцова.

Согласно реестру ФФОМС, на сегодня действуют 89 медорганизаций ФМБА, оказывающих специализированную и высокотехнологичную медпомощь (ВМП). Среди них как крупные федеральные медцентры, например, Федеральный научно-клинический центр специализированных видов медпомощи, Федеральный клинический центр высоких медицинских технологий, Сибирский ФНКЦ, ФНКЦ детей и подростков, так и многочисленные медико-санитарные части, окружные медцентры и их филиалы. По данным Аналитического центра Vademecum, 28 крупнейших медцентров агентства, оказывающих ВМП, в 2020 году выручили 53,3 млрд рублей.

С начала 2023 года ряд регионов сообщили о росте просроченной кредиторской задолженности госмедучреждений. В июне 2023 года ситуацию прокомментировал министр здравоохранения РФ Михаил Мурашко. Чтобы снизить объем долгов, он в числе прочего посоветовал субъектам переходить на централизованные закупки и «оптимизировать» инфраструктуру больниц, чтобы снизить дополнительные непрофильные расходы.