Также планируется, что гражданин должен предоставить справку (заключение или иной документ), выданную медицинской организацией. В документе  указывается вид дорогостоящего лечения, стоимость, а также сведения о заключенном между пациентом и клиникой договоре. Сумма денежных средств, возврат которой с ИИС-3 требует клиент, не должна превышать стоимость лечения.

В случае с выплатой денежной компенсации в связи с погашением инвестиционных паев к указанному выше пакету документов прибавляются сведения о максимальной сумме такой компенсации. Также указываются реквизиты транзитного счета.

Выплата средств должна быть проведена в течение пяти дней с момента подачи документов брокеру. При этом допускается уменьшение брокером суммы выплаты на сумму его денежных требований к клиенту. В случае погашения инвестиционных паев именно эти средства будут переведены на транзитный счет.

Финансовый инструмент ИИС-3 заработал с января 2024 года. Благодаря программе россияне могут заключить до трех договоров об ИИС-3 без ограничения по сумме внесенных средств. ИИС предназначен для участия в деятельности на фондовом рынке. С такими счетами инвесторы могут проводить операции с облигациями, акциями, паевыми инвестиционными фондами, драгоценными металлами и прочими финансовыми инструментами аналогично обычным брокерским счетам, получая налоговый вычет.

Правительство РФ в январе 2024 года утвердило 18 видов лечения заболеваний (в том числе орфанных), оплатить которые можно с помощью индивидуального инвестиционного счета нового типа. Вывести деньги можно будет на лечение онкозаболеваний (включая злокачественные новообразования лимфоидной, кроветворной и родственных им тканей); доброкачественной опухоли мозга; острого инфаркта миокарда; инсульта; заболеваний аорты (в целях лечения хронического заболевания аорты путем иссечения и замены дефектной части трансплантатом в грудной и брюшной части); туберкулеза любой локализации; осложненных форм сахарного диабета; системных поражений соединительной ткани.

Кроме того, указанные средства можно будет потратить на лечение демиелинизирующих заболеваний нервной системы; терминальной почечной недостаточности, в том числе связанной с использованием гемодиализа, перитонеального диализа и включающей необходимость трансплантации; тяжелых форм заболеваний и сочетанной патологии глаза и его придаточного аппарата; тяжелых форм заболеваний слухового аппарата; ожогов с площадью поражения поверхности тела 30% и более, включая необходимость трансплантации; последствий травм или заболеваний путем реконструктивных, пластических и реконструктивно-пластических операций; трансплантацию органов, тканей и костного мозга.