Суд также оставил в силе все ограничения – запрет на общение с кем-либо, кроме адвокатов, и на использования всех видов связи.

Александра Караськова, руководившего НМИЦ более 20 лет, сняли должности 17 мая 2019 года. Экс-директора, его заместителей Ирину Бойцову и Евгения Покушалова, а также топ-менеджеров ГК «Клатона» Александра Сорокина, Евгения Первушина и Александра Третьякова подозревают в соучастии по делу о растрате 1,3 млрд рублей из бюджета НМИЦ.

Караськов и Бойцова были задержаны 3 июня 2019 года, дело возбуждено по ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество, совершенное организованной группой либо в особо крупном размере) и ст. 174.1 УК РФ (легализация преступных доходов). Сначала их заключили под стражу в СИЗО, однако в августе 2019 года перевели под домашний арест. С этого времени срок ареста продлевали несколько раз.

В декабре 2019 года Александр Караськов, Ирина Бойцова и Евгений Покушалов перечислили Минздраву Новосибирской области более 850 млн рублей в качестве компенсации за нанесенный ущерб. В феврале 2020 года Евгению Покушалову изменили меру пресечения – с домашнего ареста под подписку о невыезде.

В конце февраля 2020 года директором НМИЦ им. академика Е.Н. Мешалкина был назначен кардиохирург Александр Чернявский, который исполнял обязанности руководителя медцентра с 18 мая 2019 года.