Вологодский городской суд в октябре 2018 года признал Алексея Смирнова виновным в совершении действий, приведших к гибели пятилетней пациентки областной детской клинической больницы (ВОДКБ), и приговорил его, согласно ч. 2 ст. 109 УК РФ (причинение смерти по неосторожности вследствие ненадлежащего исполнения своих профессиональных обязанностей), к двум годам лишения свободы с отбыванием наказания в колонии-поселении. Также Смирнов был лишен права заниматься врачебной деятельностью на 2 года и 6 месяцев.

Как следует из материалов суда первой инстанции, в феврале 2017 года в приемное отделение стационара ВОДКБ в тяжелом состоянии была доставлена девочка, которой врач оказал помощь «несвоевременно и не в полном объеме», в результате чего пациентка на следующий день умерла. Причинно-следственная связь между действиями врача и смертью пациентки была подтверждена заключением судебно-медицинских экспертов.

Алексей Смирнов и его адвокат обжаловали приговор первой инстанции в областном суде, новая экспертиза не установила причинно-следственной связи. Суд оправдал врача, признав его право на реабилитацию.

В январе 2020 года прокурор Вологодской области и потерпевшая сторона обжаловали оправдательный приговор в Третьем кассационном суде, который отправил дело на новое рассмотрение в областной суд со сменой судебного состава.