Яковлева посетовала, что в настоящее время Минздрав не имеет права «даже согласовывать» действия региональных министров. Из-за отсутствия вертикальной структуры управления у федерального министерства нет достаточных полномочий. По ее словам, Минздрав регулярно проводит селекторные совещания с регионами и требует предоставлять информацию о действиях и ответственных лицах в системе местного здравоохранения.

Замминистра регулярно посещает регионы и проверяет работу местных коллег. Например, в 2018 году одна такая поездка обернулась скандалом: в местную прессу попала аудиозапись закрытого совещания с медиками региона, на котором Яковлева уличила их в манипуляциях статистикой смертности и в других недочетах при организации медпомощи.

Минздрав с 2017 года пытается выстроить если не административную, то концептуальную вертикаль с помощью сети национальных медицинских исследовательских центров. Каждому из них поручено курировать оказание медпомощи по своему профилю в масштабах страны. 

Централизовать работу рассчитывает и Федеральный фонд ОМС. Ранее Минздрав  анонсировал разработку тематических постановлений: ведомство намерено переподчинить территориальные фонды федеральному, наделить его полномочиями по согласованию тарифов на оказание медпомощи в каждом регионе. 

Сейчас территориальные программы госгарантий и тарифные соглашения разрабатывает и утверждает специальная комиссия, в которую входят представители терфонда, регионального правительства и медучреждений. Скворцова утверждала, что такая схема не позволяет ФФОМС влиять на процесс распределения средств и управления ими.