Новый научно-клинический центр общей площадью 11,4 тысячи кв. м будет располагаться в девятиэтажном здании по адресу: ул. Ярошенко, д. 5. Начало строительства запланировано на январь 2024 года, подрядчик, выигравший тендер, обязан завершить работы до 31 января 2025 года.

В июле 2022 года стало известно, что ФМБА построит в Кисловодске медицинский центр, который будет специализироваться на комплексном восстановлении пациентов после инсульта. Общая стоимость возведения объекта, по данным мэрии города, оценивается в 2,5 млрд рублей. В апреле 2023 года ФМБА объявило тендер на строительство и проектирование медцентра, начальная максимальная цена контракта составила 1,735 млрд рублей. Данная закупка была отменена из-за жалобы в ФАС от ООО «Лидер».

ФМБА также занимается строительством различных медицинских объектов в других регионах России. Например, на возведение научно-клинического центра спортивной медицины и реабилитации в Сочи ведомство до 2025 года получит 6,5 млрд рублей. Однако в июне 2022 года Счетная палата РФ выяснила, что ряд крупных строек ФМБА стали отставать от графика из-за удорожания стройматериалов и проблем с подрядчиками.

Не были введены в эксплуатацию два объекта (НИИ пульмонологии в Москве и детская поликлиника клинической больницы №50 в Нижегородской области), а всего долгостроями (начаты до 2016 года) являются 18 объектов ФМБА.