В приказе №104н указано, что работа над клиническими рекомендациями (КР) будет вестись в несколько этапов. КР должны разрабатываться медицинскими профессиональными некоммерческими организациями, направляться в Минздрав РФ, а затем в Центр экспертизы и контроля качества медицинской помощи (ЦЭККМП). В случае одобрения ЦЭККМП пакет сопровождающих КР документов передается в Научно-практический совет Минздрава РФ по клиническим рекомендациям.

Клинрекомендации должны соответствовать номенклатуре медицинских услуг, утвержденной приказом Минздрава РФ от 13 октября 2017 года №804н. Впоследствии КР станут основой для стандартов оказания медицинской помощи.

Настоящий правовой статус клинические рекомендаций обрели после того, как в ФЗ №323 «Об охране здоровья граждан» были внесены поправки, регламентировавшие порядок оказания медицинской помощи. И хотя профессиональные медицинские сообщества неоднократно критиковали законопроект еще до момента его утверждения, документ был принят парламентом и подписан президентом.