В тематическом указе также прописаны поручения правительству – чиновники должны представить предложения по приведению актов Президента РФ и собственных постановлений в соответствие с новым документом.

В январе 2020 года по указу Путина ФМБА было выведено из подчинения Минздрава РФ и передано правительству. В том же месяце ФМБА возглавила Вероника Скворцова, до этого дважды занимавшая пост министра здравоохранения РФ.

Также в начале 2020 года агентство было освобождено от обязанности отчитываться о своей деятельности перед Татьяной Голиковой – вице-премьером, ответственным за здравоохранение. Работу агентства стал курировать Юрий Борисов, тогда в качестве вице-премьера отвечавший за госполитику в сфере промышленности, ТЭК, обороны (сейчас Борисов – гендиректор госкорпорации «Роскосмос»).

В марте 2020 года в структуре ФМБА появился первый национальный медицинский исследовательский центр – статус НМИЦ получил Федеральный научно-клинический центр оториноларингологии ФМБА.

В марте 2021 года Владимир Путин подписал указ, предоставивший ФМБА доступ к государственной тайне. В июне 2024 года правительство создало в ФМБА должность статс-секретаря – заместителя руководителя агентства.

ФМБА занимается оказанием медпомощи, регулированием сферы донорства крови и ее компонентов, а также контролем здоровья работников, чья деятельность затрагивает сферы с особо опасными условиями труда. В частности, ФМБА оказывает медпомощь сотрудникам «Росатома», «Роскосмоса» и специалистам, участвующим в водолазных и кессонных работах.

Помимо прочего, ФМБА совместно с «Росатомом» занимается проектом «Совершенствование качества и доступности медицинской помощи в городах присутствия». Программа действует в 18 закрытых административно-территориальных образованиях (ЗАТО), в 2024 году на ее реализацию направят более 3 млрд рублей. Также в марте 2023 года агентство и госкорпорация заявили о планах организовать производство радиофармацевтических препаратов.

ФМБА входит в перечень ведомств, ответственных за реализацию Стратегии развития фармацевтической промышленности России на период до 2030 года. К июлю 2024 года агентство совместно с остальными кураторами должно представить предложения по разработке технологий, позволяющих на ранних этапах оценивать перспективы производства препаратов.