Помимо ФЦМН, под крыло ФМБА перешли Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью (ЦСП) Минздрава РФ, который в конце марта первым после ГНЦ ВБ «Вектор» начал серийно производить тесты на коронавирус, а также Всероссийский центр медицины катастроф «Защита».

Задуманный в 2005 году Вероникой Скворцовой Федеральный центр цереброваскулярной патологии и инсульта открылся в июле 2019 года. Директором медучреждения стал главный внештатный специалист – невролог Департамента здравоохранения Москвы, профессор РНИМУ им. Н.И. Пирогова Николай Шамалов. Затем и. о. директора центра назначили руководителя лаборатории молекулярных технологий Института биоорганической химии РАН Всеволода Белоусова.

ФЦЦПИ разместился в Москве на улице Островитянова в комплексе зданий общей площадью 68,9 тысячи кв. м. На этапе строительства предполагалось, что в составе центра будет работать консультативная поликлиника на 250 посещений в смену, стационар на 300 коек, а также лечебно-диагностическое отделение и учебный центр на 740 мест. Также в ФЦЦПИ должны были функционировать отделения анестезиологии и реанимации, нейрохирургии, неврологии, медицинской реабилитации.

Вероника Скворцова 10 декабря 2019 года подписала приказ Минздрава №1001, согласно которому ФЦЦПИ реорганизовывался и присоединялся в качестве обособленного подразделения к РНИМУ им. Н.И. Пирогова. Однако позднее приказ был отменен, а ФЦЦПИ переименован в Федеральный центр мозга и нейротехнологий Минздрава России.

На 2020 год медучреждение получило 2 202 квоты на оказание высокотехнологичной медицинской помощи, ‎не включенной в базовую программу ОМС. Больше всего объемов было выделено центру по профилям «нейрореабилитация» (1 806 квот) и «нейрохирургия» (376 квот). Кроме того, в центре будут оказывать ВМП по профилю «онкология» (17-я группа ВМП) – 20 квот.

Как стало известно 31 марта 2020 года, ФЦМН полностью перепрофилируется под пациентов с подозрением на COVID-19.