Соответствующий приказ был подписан 8 февраля 2018 года. Это значит, что центр становится головным в офтальмологии и будет курировать все отраслевые медицинские учреждения в стране.
Руководит Центром им. академика С.Н. Федорова депутат Госдумы от «Единой России», бывший главный врач Курской областной клинической больницы Александр Чухраев. Согласно данным Федерального казначейства, в 2015 году доходы медцентра составили 9,5 млрд рублей.
В сентябре 2017 года премьер-министр России Дмитрий Медведев подписал распоряжение о заключении концессионного соглашения по реконструкции и оснащению оборудованием комплекса зданий екатеринбургского МНТК «Микрохирургия глаза» им. акад. С.Н. Федорова. Согласно документу, объекты здравоохранения на 25 лет перейдут в управление частной компании АО «Екатеринбургский центр МНТК «Микрохирургия глаза», которая арендует здания центра.