Медицинский институт будет рассчитан на 2,5 тысячи обучающихся и ориентирован как на получение высшего, так и последипломного образования, подготовка будет проходить по всем основным клиническим направлениям. В НИЦ, как следует из технического задания, расположатся многопрофильная лаборатория, центр клеточных технологий, экспериментально-биологический центр клинических испытаний, консалтинговый и тренинг-центр для студентов и ординаторов. Мощность клиники при университете составит 577 коек, в том числе 30 коек реанимации. При медицинском учреждении построят и небольшую поликлинику, рассчитанную на 300 посещений в смену. После реализации якорного проекта в инновационном кластере будут работать более 2 тысяч медработников.
Об инициативе по созданию инновационного медицинского кластера в Кавказских Минеральных Водах стало известно в 2010 году, но к реализации проекта приступили пять лет спустя. Конкурс на создание концепции кластера выиграла компания Solve Consulting Managementberatung Gmb, в 2016 году готовую концепцию утвердили на Петербургском экономическом форуме.
Помимо университета с клиникой и научно-исследовательских центров, на территории кластера предлагалось построить санаторно-курортную инфраструктуру, расширить медицинское и фармацевтическое производство, а «Росатом» рассчитывал возвести ядерный комплекс с циклотроном, ПЭТ-центром и клиникой радиохирургии. По заявлениям чиновников, СКМК должен стать «русским Фрайбургом» и привлечь более 1 млн медтуристов.
Амбициозный проект стал частью государственной программы «Развитие Северо-Кавказского федерального округа», на реализацию которой в 2017–2020 годах выделено федеральное финансирование в размере 58,2 млрд рублей, а общий объем инвестиций в проект, по некоторым оценкам, может достичь 750 млрд рублей.
В мае 2016 года полпред президента в Северо-Кавказском федеральном округе Сергей Меликов раскритиковал идею создания СКМК, поскольку его реализация, по мнению чиновника, нанесет непоправимый вред окружающей среде, «ускорит процессы деградации и в конечном итоге приведет к полной утрате уникальных бальнеологических ресурсов Кавказских Минеральных Вод». Тем не менее в начале февраля 2017 года стало известно, что Министерство здравоохранения и другие ведомства утвердили предварительный проект строительства СКМК.
