Сметная стоимость строительства медучреждения превысила 3,5 млрд рублей, из них на строительно-монтажные работы было выделено 1,9 млрд рублей, а на оснащение оборудованием – 1,4 млрд рублей.

Строительство перинатального центра в Хакасии началось еще в 2014 году. Годом позже, в 2015 году, строительство стало объектом скандала. Бывший министр финансов республики Семен Аешин, согласно данным регионального Следственного комитета, давал указания о нецелевом расходовании средств Федерального фонда обязательного медицинского страхования (ФФОМС), направленных на создание перинатального центра. В отношении Аешина было возбуждено уголовное дело по ч. 2 ст. 286 УК РФ («Превышение должностных полномочий»). 

Именно со скандалом со строительством перинатального центра связывают отставку главы Минздрава республики Владимира Титова в сентябре 2015 года. Семен Аешин ушел в отставку позднее, в феврале 2017 года, но тоже по собственному желанию. Его отставку хакасские СМИ связывают с окончанием расследования и передачей уголовного дела в суд.

Росздравнадзор проверил, как запускались и работают перинатальные центры, уже построенные по Программе развития перинатальных центров в РФ на 2013–2016 годы, и выявил массу нарушений. Среди них отсутствие нормативных документов, сформированной медицинской бригады, перегрузка или, наоборот, простой оборудования, а также использование незарегистрированных медизделий и просроченных расходных материалов.