В СК сообщили, что объем уголовного дела – 73 тома. В ходе расследования допрошены 86 потерпевших и более 80 свидетелей, проведено 10 судебных экспертиз. К уголовной ответственности, помимо Сандакова, СК привлек представителей неназванной аффилированной компании.

В ноябре 2022 года Якова Сандакова отправили в СИЗО на два месяца, позднее меру пресечения неоднократно продлевали. В ноябре 2023 года Иркутский областной суд перевел подозреваемого под домашний арест.

Уголовное дело в отношении Сандакова по первому эпизоду возбуждено в ноябре 2022 года. Его заподозрили в получении взятки в феврале 2022 года в размере 7 млн рублей от директора неназванной компании за помощь в заключении госконтракта на 150 млн рублей на поставку эндоскопической системы.

В апреле 2023 года Сандакова обвинили в получении взятки в 1 млн рублей от руководителя одного из местных медучреждений за выполнение «неких действий, входящих в его должностные полномочия», в интересах взяткодателя. Дело по третьему эпизоду возбудили в июне 2023 года – бывшего чиновника заподозрили в легализации преступных доходов в размере 8 млн рублей весной 2022 года посредством операций с ценными бумагами на торговой площадке Московской биржи. 

Затем СК снова расширил перечень инкриминируемых Сандакову преступлений. Следователи считают, что в 2021 году он не обеспечил необходимыми препаратами и медизделиями несовершеннолетних детей-инвалидов с диабетом. Также, по версии следствия, в 2021 году Сандаков предоставил неназванной коммерческой организации, в которой он ранее работал, информацию о планируемых Минздравом закупках. Компания смогла выиграть тендер и выполнила заказ по завышенной стоимости. По подсчетам экспертов, сумма убытков для бюджета Иркутской области составила 18 млн рублей. В дальнейшем вырученные деньги были распределены группой подозреваемых.

Яков Сандаков руководил региональным Минздравом с ноября 2020 по 30 декабря 2021 года. Он покинул пост в связи с истечением срока контракта, затем Сандаков перешел на работу в ФМБА в Москве.