Начальник отдела по надзору за исполнением законодательства о противодействии коррупции прокуратуры Новосибирской области Павел Илык рассказал изданию «Коммерсантъ», что Евгений Покушалов не смог доказать законность происхождения недвижимого имущества, так как не указал сведения о приобретении квартир в декларациях о доходах и имуществе.

По информации прокуратуры, Покушалов купил квартиры в Нью-Йорке в 2014 и 2017 годах, общая стоимость этого недвижимого имущества оценивается в 123 млн рублей. При этом в ведомстве отметили, что, находясь в должности заместителя директора НМИЦ, Евгений Покушалов ежегодно представлял декларации о доходах и имуществе.

В феврале 2019 года Евгений Покушалов был задержан сотрудниками ФСБ по подозрению в хищении 1,3 млрд рублей на госзакупках в НМИЦ им. академика Е.Н. Мешалкина. В апреле 2019 года врача перевели из СИЗО под домашний арест, а в феврале 2020 года изменили меру пресечения на подписку о невыезде.

В мае 2020 года стало известно, что Евгений Покушалов занял должность заместителя генерального директора по науке и развитию сети клиник «Центр новых медицинских технологий» в Новосибирске, также он стал советником председателя Сибирского отделения РАН по инновационному развитию.

Вместе с Покушаловым подозреваемыми по делу о хищении 1,3 млрд рублей из бюджета НМИЦ им. Е.Н. Мешалкина проходят бывший руководитель центра Александр Караськов и его супруга, руководитель организационно-клинической службы НМИЦ Ирина Бойцова. Они были задержаны в июне 2019 года и пока остаются под домашним арестом.