В Ростехнадзоре настаивали, что медучреждение самовольно изменило проектную документацию строительства НИИ детской онкологии и гематологии при НМИЦ им. Блохина, не согласовав его с уполномоченной организацией, осуществляющей государственное управление использованием атомной энергии. После того как спор перешел в судебную плоскость, в НМИЦ им. Н.Н. Блохина заявили, что выполнить предписание невозможно, так как у строящегося объекта другое название. 

Арбитраж определил, что НМИЦ им. Н.Н. Блохина законно оформило изменения в проекте корпуса «А»: «Проектная документация и результаты инженерных изысканий, как и при проведении предыдущих экспертиз, были приняты на государственную экспертизу на основании п. 1 ч. 1 ст. 48.1 Градостроительного кодекса Российской Федерации как проектная документация, разработанная для объекта с использованием атомной энергии».

Также суд определил, что сотруднику МТУ Ростехнадзора по надзору за ядерной и радиационной безопасностью, проводившему проверку, было известно о существовании разрешения на строительство «НИИ Детской онкологии и гематологии РОНЦ им. Н.Н. Блохина РАМН» от 6 июля 2012 года. «При этом получение нескольких разрешений на строительство одного и того же объекта, как и получение отдельных разрешений на каждый из элементов проекта при наличии общего разрешения на строительство, действующим законодательством Российской Федерации не предусмотрено», – говорится в документах суда.

Ввод в эксплуатацию новых корпусов НИИ детской онкологии и гематологии при НМИЦ им. Н.Н. Блохина несколько раз откладывался и в итоге был перенесен на 2019 год. Общая стоимость проекта достигает 16,28 млрд рублей. Площадь НИИ составит 104,8 тысячи кв. м.