Уголовное дело в отношении Аешина было возбуждено по ч. 2 ст. 286 УК РФ (превышение должностных полномочий) в апреле 2015 года, однако позднее его переквалифицировали на п. «б» ч. 2 ст. 285.2 УК РФ (нецелевое расходование средств государственных внебюджетных фондов в особо крупном размере)
В январе 2014 года правительство Республики Хакасии, Минздрав и ФФОМС заключили соглашение о софинансировании региональной программы «Модернизация здравоохранения Республики Хакасия на 2011–2016 годы», в соответствии с которым из бюджета ФФОМС было перечислено более 2,25 млрд рублей на проектирование, строительство и ввод в эксплуатацию перинатального центра. В общей сложности объект требовал более 3,4 млрд инвестиций.
По версии следствия, Аешин 2,1 млрд рублей из этих средств направил на исполнение бюджета Хакасии, а на финансирование строительства перинатального центра правительству позднее пришлось брать кредиты.
В суде Аешин свою вину не признал, пояснив, что им не допущено нецелевого использования средств ФФОМС, так как с точки зрения закона нецелевое использование средств фонда – это направление их на цели, не утвержденные в Законе о бюджете. Кроме того, Минфин не участвовал в подписании соглашения о выделении средств, и я не являлся их распорядителем – их главным распорядителем являлось Министерство регионального развития.
В итоге суд постановил его оправдать в связи с отсутствием состава преступления, сообщила пресс-служба Абаканского городского суда, в котором рассматривалось дело. Как отметили в суде, теперь Аешин имеет право на реабилитацию, возмещение имущественного и морального вреда, восстановление в иных правах.
Строительство перинатального центра в Хакасии началось еще в 2014 году. Именно со скандалом со строительством перинатального центра связывают отставку главы Минздрава республики Владимира Титова в сентябре 2015 года. Семен Аешин ушел в отставку позднее, в феврале 2017 года, но тоже по собственному желанию. Его отставку хакасские СМИ связывали с окончанием расследования и передачей уголовного дела в суд.
Проект строительства перинатального центра в столице Хакасии городе Абакане занял девятое место в рейтинге Vademecum «ТОП50 крупнейших государственных медицинских проектов по объему инвестиций».