По международным показателям, от 1% до 2% зрителей на массовых мероприятиях понадобилась какая-либо медицинская помощь и лишь 0,2–0,5% потребовалась госпитализация.
Самым распространенным заболеванием во время Олимпийских игр станет грипп, а не лихорадка денге или болезнь, вызванная вирусом Зика. Бразильский Минздрав потратил 72 млн реалов ($21,8 млн) на обеспечение Игр 146 машинами скорой помощи. По данным правительства страны, в больницах будет выделено 235 запасных коек на случай происшествий с большим количеством жертв.
Федеральное правительство направило 2,9 млрд реалов ($878,9 млн) на обеспечение общественной безопасности во время Олимпийских игр. 230 млн реалов ($69,7 млн) досталось Управлению здравоохранения Рио-де-Жанейро. Деньги были потрачены на регулярные платежи, которые позволят всем учреждениям штата продолжить работу в нормальном режиме, чтобы в случае необходимости оказать поддержку Играм.
Объединенный медицинский центр (CIOCS) будет заниматься атлетами, представителями делегаций и зрителями. Он будет работать 24 часа в сутки. Штаб-квартира CIOCS расположится в центре Рио на период с 29 июня до конца Паралимпийских игр, то есть до 29 сентября. Там будет находиться команда Министерства здравоохранения из 125 специалистов, которые будут заниматься координацией медпомощи во время Олимпийских и Паралимпийских игр. Центры CIOCSВ будут созданы и других городах, где будут проходить соревнования: в Бразилиа, Сан-Паулу, Белу-Оризонти, Сальвадоре, Манаусе.
Во вторник, 12 июля, была запущена специальная олимпийская версия приложения Guardiões da Saúde («Стражи здоровья») и новый портал под названием Saúde do Viajante («Здоровье путешественника»), которые дают рекомендации и инструкции иностранным туристам и жителям Бразилии по поводу охраны собственного здоровья и профилактики болезней. Первая версия приложения Guardiões da Saúde появилась во время чемпионата мира в 2014 году. Приложение будет доступно на португальском, английском, французском, испанском, русском, арабском и китайском языках.
По словам Жулианы Живизиес, советника по международному сотрудничеству Департамента ЗППП бразильского Минздрава, в каждом здании Олимпийской деревни будет стоять автомат с презервативами.