В 2007 году здание, где планировалось открыть учебный корпус №11, перешло в собственность БГМУ. В восточном крыле организовали лабораторный корпус и разместили кафедру экономической фармации, а западное осталось заброшенным. На данный момент там нет окон и крыши, не проведены коммуникации.

Согласно техзаданию, подрядчику необходимо провести обследование технического состояния несущих конструкций – на эти цели направят 1,17 млн рублей. Среди задач – разработка проектно-сметной документации с инженерными изысканиями, на это выделят 3,5 млн рублей. На строительно-монтажные работы предусмотрено 241,5 млн рублей. Окончательная стоимость будет определена после прохождения государственной экспертизы.

Работы необходимо выполнить в три этапа за 2024-2025 годы. Площадь четырехэтажного здания составляет 3,6 тысячи кв. м. Завершить реконструкцию подрядчику необходимо в срок до 1 августа 2025 года.

В апреле 2023 года БГМУ также объявлял тендер на реконструкцию учебно-лабораторного корпуса под общежитие секционного типа на улице Репина. Начальная цена контракта составляла 311,7 млн рублей. Контракт на проведение работ заключили в мае 2023 года с ООО «Производственно-строительная фирма «Д-Арт», но в октябре того же года контракт был расторгнут по решению сторон. На данный момент здание общежития функционирует.

В конце декабря 2023 года Комиссия Минобрнауки РФ определила параметры специальной части гранта программы «Приоритет-2030» для медвузов на 2024 год. Среди получателей по программе «Территориальное и отраслевое лидерство» оказался и Башкирский ГМУ, которому назначили 317,7 млн рублей.