Однако медпомощь, не включенную в базовую программу ОМС, ФМБА на обозначенных территориях оказывать не будет. Также ведомство не будет проводить там федеральный государственный санитарно-эпидемиологический контроль (надзор).

В числе территорий, обслуживаемых ФМБА, уже есть города в Удмуртской Республике, Алтайском и Ставропольском краях, Брянской области и других регионах. Также в ведении агентства находятся закрытые административно-территориальные образования (ЗАТО) в Башкортостане, Красноярском крае, Амурской, Московской и Мурманской областях и ряде других субъектов. Кроме того, ФМБА осуществляет деятельность в муниципальном образовании г. о. Ялта, за исключением медпомощи, не включенной в базовую программу ОМС, а также санитарно-эпидемиологического контроля.

В апреле 2021 года в Ялте анонсировали строительство многопрофильного медицинского центра при Федеральном научно-клиническом центре (ФНКЦ) специализированных видов медицинской помощи и медицинских технологий ФМБА. Изначально общий объем инвестиций оценили в 15 млрд рублей – средства на реализацию проекта правительство выделило из федбюджета в мае 2021 года.

В августе 2022 года Правительство России назначило на 2022-2023 годы входящее в госкорпорацию «Ростех» ООО «РТ-СоцСтрой» единственным поставщиком строительства, оснащения и ввода в эксплуатацию многопрофильного медцентра. В ноябре 2023 года стало известно, что возведение медцентра ФМБА в Ялте подорожает почти до 17 млрд рублей.

В список предприятий, обслуживаемых ФМБА, в апреле 2023 года включены еще три госорганизации – ВНИИ радиоаппаратуры, Завод радиотехнического оборудования и Российский институт радионавигации и времени в Санкт-Петербурге. Таким образом, в контуре медобслуживания агентства находятся 738 государственных организаций, включая недавно добавленную Запорожскую АЭС.