Срок обучения в ординатуре по специальности «медицинская микробиология» составит два года. Поступить в профильную ординатуру смогут выпускники специалитета по направлениям «лечебное дело», «педиатрия», «медико-профилактическое дело» и «медицинская биохимия». После прохождения обучения они получат квалификацию «врач – медицинский микробиолог».

Профессиональный стандарт «специалист в области медицинской микробиологии» был утвержден приказом Минтруда РФ №384н в июне 2021 года. Образовательный стандарт по специальности ординатуры «медицинская микробиология» утвержден приказом Минобрнауки №1230 от 13 декабря 2021 года (зарегистрирован 14 января 2022 года).

«Медицинская микробиология» наряду с «физической и реабилитационной медициной», а также «детской онкологией-гематологией» были внесены в Номенклатуру специальностей выпускников, имеющих высшее медицинское и фармацевтическое образование, в начале 2020 года. Профили планировалось внести в обновленный перечень специальностей и направлений подготовки высшего образования по программам ординатуры в 2021 году. Однако в марте 2022 года стало известно, что «детская онкология-гематология» не вошла в список, который вступит в силу 1 сентября 2024 года.

В начале апреля 2022 года Минздрав РФ также запланировал добавить в Номенклатуру должностей медицинских и фармацевтических работников позиции «врач-кибернетик» и «врач спортивных сборных команд». Специальность «врач-кибернетик» уже есть в программах специалитетов медвузов с 2017 года, однако пока не была вписана в номенклатуру должностей.