Бюджет профильного нацпроекта оказался одним из наименее исполненных – 11-12-е место из четырнадцати (наряду с нацпроектом «Малое и среднее предпринимательство и поддержка индивидуальной предпринимательской инициативы»).

В структуре федеральных проектов, входящих в нацпроект «Здравоохранение», с декабря 2021 года являются исполненными на 100% только три: «Развитие сети национальных медицинских исследовательских центров и внедрение инновационных медицинских технологий» (11,3 млрд рублей), «Обеспечение медицинских организаций системы здравоохранения квалифицированными кадрами» (почти 3,3 млрд рублей) и «Развитие экспорта медицинских услуг» (27 млн рублей).

Наиболее исполненным среди бюджетов остальных федпроектов оказался бюджет проекта «Борьба с онкологическими заболеваниями» (97,4%, или 179,1 млрд рублей из 183,8 млрд). Далее следуют «Первичная медико-санитарная помощь» (96,2%, или 7,8 млрд рублей из 8,1 млрд) и «Борьба с сердечно-сосудистыми заболеваниями» (91,5%, или 18,2 млрд рублей из 19,9 млрд).

Расходы на федпроект «Создание единого цифрового контура в здравоохранении на основе ЕГИСЗ» в 2021 году были на уровне 14,2 млрд рублей (85,3%). Наименее исполненным стал бюджет федпроекта «Развитие детского здравоохранения, включая создание современной инфраструктуры оказания медицинской помощи детям» (75,5%, или 9,3 млрд рублей из 12,3 млрд).

В сентябре 2021 года Счетная палата РФ сообщила, что кассовое исполнение бюджета нацпроекта «Здравоохранение» в 2020 году составило 96,1% (295,7 млрд рублей из 307,36 млрд). Тогда из восьми федпроектов на 100% был исполнен только проект «Развитие экспорта медицинских услуг» (30 млн рублей, причем он реализовывался только 71 регионом). Наименьший процент достижения планового показателя также был у федпроекта «Развитие детского здравоохранения» – 84% (34,9 млрд рублей).