Александр Караськов и Ирина Бойцова были задержаны 3 июня 2019 года, первоначально дело было возбуждено по ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество, совершенное организованной группой либо в особо крупном размере) и ст. 174.1 УК РФ (легализация преступных доходов). Сначала их заключили под стражу в СИЗО, однако в августе 2019 года перевели под домашний арест.

В декабре 2019 года фигуранты дела перечислили Минздраву Новосибирской области более 960 млн рублей в качестве компенсации за нанесенный ущерб, после чего в июне 2020 года были отпущены под подписку о невыезде.

Подозреваемым по делу проходит бывший заместитель директора НМИЦ Евгений Покушалов. Хирург заключил с прокуратурой досудебное соглашение о сотрудничестве и вышел под подписку о невыезде в феврале 2020 года. В марте 2021 года суд по иску региональной прокуратуры постановил изъять в собственность РФ квартиру Покушалова в США стоимостью $1,28 млн.

В начале июня 2021 года дело в отношении Евгения Покушалова поступило в Центральный районный суд Новосибирска для рассмотрения по существу. Ему инкриминировали ч. 4 ст. 160 УК РФ (растрата с использованием своего служебного положения, совершенная организованной группой, в особо крупном размере), максимальная санкция по статье предусматривает до десяти лет лишения свободы.