Покушалов обвиняется в совершении преступления, предусмотренного ч. 4 ст. 160 УК РФ (растрата с использованием своего служебного положения, совершенная организованной группой, в особо крупном размере). Для рассмотрения дело будет направлено в Центральный районный суд Новосибирска.

По версии следователей регионального УФСБ России, Евгений Покушалов в 2015–2018 годах совместно с другими участниками (экс-руководителем НМИЦ Александром Караськовым и его супругой, руководителем организационно-клинической службы центра Ириной Бойцовой) и руководителями компаний создал для ряда юрлиц условия для победы на аукционах, в которых федеральная организация закупала различные медицинские товары. В результате, говорится в сообщении прокуратуры, Покушаловым были похищены 1,9 млрд рублей (первоначально в деле фигурировала сумма 1,3 млрд рублей).

Обвиняемый и другие фигуранты добровольно возместили ущерб в 960 млн рублей.

Евгений Покушалов был задержан сотрудниками ФСБ в феврале 2019 года, в апреле того же года его перевели из СИЗО под домашний арест, а в феврале 2020 года изменили меру пресечения на подписку о невыезде.

В марте 2021 года суд по иску региональной прокуратуры постановил изъять в собственность РФ квартиру Покушалова в США стоимостью $1,28 млн, хотя ранее хирург отрицал владение заграничной недвижимостью. По версии прокуратуры, представленные Евгением Покушаловым и его супругой данные о доходах за 2014–2017 годы в 67 млн рублей не отражали реального заработка специалиста, поскольку в 2014 и 2017 годах кардиохирург приобрел две квартиры в районе Бруклин (Нью-Йорк, США) общей стоимостью около 123 млн рублей, что не было зафиксировано в ежегодных отчетах.