Изначально «Роснано» заявлялась ко включению в реестр с требованиями на почти 3 млрд рублей, но часть долга в виде процентов с кредита и неустойки не была учтена судом.
В 2010 году «Роснано» предоставила «НТфарме» займ на 1,06 млрд рублей. «НТфарма» основной долг не погашала вовсе, а проценты выплачивала до 2012 года. «Роснано» насчитала за прошедший до банкротства период 1,16 млрд рублей процентов и 729 млн рублей неустойки. Их суд не учел, указав, что «Роснано» не пыталась взыскать долг и продолжала подписывать акты сверки по займу и накануне банкротства. «Роснано» принадлежит 49% в «НТфарме».
Госкорпорация продолжила вкладывать в предприятие. В 2016 году «Роснано» внесла вклад в уставный капитал «НТфармы» на 150 млн рублей, в 2017 году – еще 65 млн рублей. В обоих случаях «НТфарма» не регистрировала увеличение уставного капитала и таким образом должна была вернуть внесенные суммы, но не сделала этого.
В сентябре 2018 годы «Роснано» выдал «НТфарме» еще один займ на 45 млн рублей, ни одного платежа по которому компания не сделала. Также с января 2018 по сентябрь 2019 года «НТфарма» арендовала у «Роснано» помещение, при этом ни разу не внесла арендной платы и образовала таким образом долг в 1,5 млн рублей.
«НТфарма» занималась разработкой трехвалентной вакцины против гриппа АдеВак-Флю, препарата для генной терапии побочных эффектов химиотерапии АдеЛакт, генотерапевтического препарата для лечения бокового амиотрофического склероза АдеВаск. В 2009 году «Роснано» и «НТфарма» договорились о строительстве завода в Переславле-Залесском в Ярославской области, производство вакцины от гриппа здесь предполагалось наладить в 2012 году.
Тогда против строительства якобы выступили местные жители, и завод решили строить на соседнем участке, который собственники «НТфармы» приобрели у структуры Дениса Кошурникова, бывшего в тот момент мэром Переславля-Залесского. Завод начали строить в 2011 году, но в 2014 году проект заморозили на уровне «коробки» здания завода.
В ноябре 2016 года Следственный комитет возбудил в отношении руководителей «НТфармы» уголовное дело о растрате. В декабре 2018 года Генпрокуратура утвердила обвинительное заключение в отношении учредителя компании Рустама Атауллаханова и ее бывшего гендиректора Евгения Султанова по уголовному делу по ч. 4 ст. 160 (присвоение или растрата в особо крупном размере) и ст. 174.1 УК РФ (отмывание денежных средств, приобретенных в результате совершения преступления). Атауллаханов, по данным прокуратуры, создал сеть фиктивных компаний, с которыми Евгений Султанов как директор «НТфармы» заключал фиктивные договоры на выполнение научно-исследовательских работ, – так обвиняемые похитили более 400 млн рублей.
Кроме того, по данным СК, Денис Кошурников выдал незаконное разрешение на строительство, поскольку новый участок под завод находился на территории национального парка «Плещеево озеро». Его подозревали в превышении полномочий (ст. 286 УК РФ), но летом 2018 года Заволжский районный суд Ярославля освободил его от наказания в связи с истечением срока давности.
