Средства будут распределяться поэтапно. В 2019 году НМИЦ получит 195,2 млн рублей, в 2020-м – 885 млн рублей, в 2021-м – 2,6 млрд рублей, в 2022-м – 2,3 млрд рублей и в 2023-м – 1,8 млрд рублей. Сдать объект в эксплуатацию необходимо в 2024 году.
Выделенные деньги направят на завершение реконструкции главного корпуса и строительство комплекса детской хирургии, госпитального корпуса с отделениями по основным направлениям работы НМИЦ, а также перинатального центра. Общая площадь возводимых и реконструируемых объектов составит 65,2 тысячи кв. м.
За счет строительства второй очереди НМИЦ рассчитывает нарастить объемы высокотехнологичной медицинской помощи (ВМП) с 20 тысяч до 30–35 тысяч случаев лечения в год. В 2019 году центр получил план на 9,3 тысячи квот (порядка 3,7 млрд рублей) на ВМП, не погруженную в базовую программу ОМС. С таким показателем медучреждение оказалось на пятом месте тематического рейтинга Аналитического центра Vademecum.
В сентябре 2019 года НМИЦ принял первого ребенка на лучевую терапию. Раньше центр не оказывал такую медпомощь детям, так как в его составе нет детского онкологического стационара. Чтобы решить эту проблему, НМИЦ договорился с новосибирской клинической ЦРБ в Краснообске, в стационаре которой будут наблюдаться дети, прошедшие лечение в НМИЦ.