«В наших планах поставить вопрос о вертикализации системы ОМС, преобразовании системы территориальных фондов в подразделения ФФОМС и введении правила «двух ключей», то есть территориальные комиссии, которые будут формировать территориальные программы госгарантий, должны идти под двойным руководством – руководителя здравоохранения региона и руководителя территориального подразделения единого территориального фонда ОМС», – цитирует ТАСС Скворцову.

По ее мнению, из-за децентрализации системы у ведомства сейчас нет полномочий влиять на формирование программы госгарантий 86 территориальных фондов.

В настоящее время, по уставу, ФФОМС «осуществляет выравнивание финансовых условий деятельности территориальных фондов в рамках базовой программы ОМС». Терфонды обязаны отчитываться перед федеральным фондом и региональным правительством о своей работе. 

Руководство фонда назначает областная администрация по согласованию с ФФОМС. Они же осуществляют контроль за деятельностью терфондов. Однако программу госгарантий в каждом субъекте, то есть самый главный финансовый документ, формирует специальная комиссия, в которую входят представители региональных минздравов и правительства, а также руководители лечебных учреждений и общественных организаций. 

Будучи главой Счетной палаты, вице-премьер РФ Татьяна Голикова высказывала сомнения по поводу целесообразности существования Федерального фонда ОМС как отдельной структуры. Она предлагала объединить ФФОМС с другими внебюджетными фондами.

В марте 2018 года спикер Совета Федерации Валентина Матвиенко и вовсе предложила упразднить действующую систему ОМС, а средства на лечение граждан направлять напрямую из федерального и регионального бюджетов.