На первом и втором этапах строительства планируется возвести два девятиэтажных корпуса: лечебно-диагностический на 150 нейрохирургических коек (в том числе 12 коек пробуждения и 48 коек реанимации) общей площадью 42,4 тысячи кв. м и лечебно-реабилитационный комплекс на 180 коек с блоком водолечения площадью 19,1 тысячи кв. м, а также патологоанатомический корпус, паркинг и КПП. Проектные работы стоимостью 145 млн рублей выполняла компания «Профиль».

Как сообщается на сайте центра, строительство нового комплекса позволит оказывать высокотехнологичную медпомощь  8-9 тысячам пациентов в год, а также проводить обучение специалистов со всей страны. Кроме того, планируется внедрение инновационных методов лечения, проведение научных исследований в области нейрохирургии и неврологии, а также создание и развитие системы ранней реабилитации.

Комплекс строится за счет федеральной субсидии, определенной постановлением правительства от 17 марта 2016 года №204. Всего до 2020 года на проектные и строительные работы планируется выделить 10,9 млрд рублей.

Предыдущий конкурс, объявленный в конце августа 2017 года, общей стоимостью 6,7 млрд рублей был отменен после предписания ФАС, которая посчитала, что центр Алмазова неверно выбрал тип тендера, установил ненадлежащие требования к составу и содержанию заявки, а также неправомерно объединил выполнение строительных работ и поставку оборудования в один конкурс.

В конце октября 2017 года НМИЦ им. В.А. Алмазова открыл новый Центр доклинических трансляционных исследований. Проект стоимостью 1,28 млрд рублей занял 46-е место в ТОП50 крупнейших государственных медицинских проектов по версии Аналитического центра Vademecum.