ОАО «Ханты-Мансийская аптека» было создано в 2004 году путем приватизации одноименного госпредприятия. 

На долю акционерного общества приходится около 20% розничного рынка лекарственных средств в Ханты-Мансийске. Всего в городе действует более десяти аптечных организаций, в том числе федеральные сети. В среднем в окружном центре на одну аптеку приходится около 2 300 горожан, что примерно соответствует среднероссийскому показателю по обеспеченности аптеками городских жителей.

100% акций общества с уставным капиталом 396 млн рублей принадлежат округу. 

В августе 2016 года на единой электронной торговой площадке состоялся аукцион по продаже 100% акций АО «Столичные аптеки». Со стартовых 5,6 млрд рублей цена поднялась незначительно – до 5,67 млрд рублей.

В рейтинге Vademecum «ТОП200 аптечных сетей по итогам первого полугодия 2016 года» «Ханты-Мансийская аптека» заняла 101 место с выручкой 581 млн рублей за полгода. На конец первого полугодия сеть объединяла 77 аптечных учреждений.