Согласно проекту, общий объем доходов бюджета федерального фонда в 2017 году составит 1 692 млрд рублей, в 2018 году – 1 758,4 млрд рублей, в 2019-м – 1 817,3 млрд рублей. При этом в структуре доходов бюджета федерального фонда в 2017 и 2018 годах поступления страховых взносов на обязательное медицинское страхование составят более 98%, в 2019 году – 99,9%.

Размер страховых взносов на обязательное медицинское страхование запланирован на 2017 год в размере 1 664,5 млрд рублей, на 2018 год – 1 731,5 млрд рублей, на 2019 год – 1 815,8 млрд рублей.

На оказание высокотехнологичной медицинской помощи (ВМП), не включенной в базовую программу ОМС, в бюджете федерального фонда планируется выделить в 2017 году 96,7 млрд рублей, на 2018 год – 101  млрд рублей, на 2019 год – 105,1 млрд рублей.

В целях поэтапного расширения перечня видов (методов) высокотехнологичной медицинской помощи, оказываемых в рамках базовой программы ОМС, в 2017 за счет субвенции будет осуществляться финансовое обеспечение дополнительно четырех методов ВМП.

Размер учтенных в бюджете федерального фонда межбюджетных трансфертов из федерального бюджета на компенсацию выпадающих доходов в связи с установлением отдельным категориям плательщиков льготного тарифа на уплату страховых взносов на ОМС работающего населения прогнозируется на 2017 год в сумме 27,5 млрд рублей, на 2018 год – 26,9 млрд рублей, на 2019 год – 1,5 млрд рублей. Уменьшение размера межбюджетных трансфертов на указанные цели в 2019 году объясняется переходом большинства категорий «льготных» плательщиков страховых взносов на полный тариф.

Отдельно включено финансирование программы «Земский доктор». По ней с 2012 года единовременные компенсационные выплаты получили 20,3 тысячи медицинских работников. На указанные цели в бюджете федерального фонда предусматривается выделить 3,2 млрд рублей.

Остается нерешенной задача по изысканию источников финансирования на реализацию майского указа президента по повышению зарплаты медицинских работников, согласно которым зарплата врачей в 2017 году должна составить 180% от средней зарплаты в регионе, среднего медперсонала – 90%, младшего медперсонала – 80%. Как подсчитали в Минздраве, на указанные цели бюджету фонда потребуется в 2017 году 70,7 млрд рублей, в 2018 году – 196,6 млрд, в 2019 году – 219,5 млрд.

Бюджет ФФОМС рассчитывается исходя из численности граждан, застрахованных по ОМС. По состоянию на 1 апреля 2016 года 146,5 млн человек входят в систему обязательного медицинского страхования.

В начале сентября 2016 года аудиторы Счетной палаты выявили многочисленные нарушения при проведении инвентаризации материальных и нематериальных активов Федерального фонда обязательного медицинского страхования (ФФОМС), а также усомнились в достоверности сведений, представленных фондом в отчете за 2015 год, в первую очередь из-за  неполного исполнения бюджета ФФОМС как по доходным, так и по расходным статьям.