Как установила прокуратура Новосибирской области, в 2011–2013 годах Наталья Семененко, как главврач роддома, не перечислила в бюджет более 5,4 млн рублей налогов с доходов людей, работающих в медучреждении. Этот вид налогов (налог на доходы физических лиц, НДФЛ) рассчитывается и перечисляется при выплате заработной платы.

«Высвободившиеся» средства Семененко направила на необоснованно завышенные стимулирующие выплаты своим родственникам, также работавшим в роддоме. По данному факту в отношении главного врача было возбуждено уголовное дело по ст. 199.1 УК РФ (неисполнение в личных интересах обязанностей налогового агента по перечислению налогов, подлежащих в соответствии с законодательством Российской Федерации о налогах и сборах перечислению в соответствующий бюджет, совершенное в крупном размере).

В настоящее время расследование дела завершено, и его материалы направлены на рассмотрение в Кировский районный суд Новосибирска.

Заработок главных врачей государственных медучреждений нередко формируется по непрозрачной схеме. Так, восьмикратную разницу в зарплатах главврачей и медсестер активисты Общероссийского народного фронта обнаружили в Челябинской области. Эти данные позже опровергал региональный Минздрав.

В настоящее время на рассмотрении Госдумы находятся два законопроекта, призванные урегулировать сложившуюся практику. В начале марта 2016 года Правительство РФ внесло на рассмотрение Госдумы законопроект о расширении перечня организаций и должностей, для которых определяется предельный уровень соотношения средней заработной платы. Для установления принципов социальной справедливости и эффективного управления авторы документа предложили включить в этот список главврачей, начмедов и главных бухгалтеров бюджетных медучреждений, а также руководителей территориальных фондов медицинского страхования. Кроме того, в конце апреля было предложено обязать главврачей публиковать сведения о своей зарплате в интернете.