Программа была принята в конце 2013 года. Тогда предполагалось, что в 2016 году на ее финансирование из областного бюджета будет выделено 8,5 млрд рублей, в 2017-м – 8,5 млн рублей, а в 2018-м – 8,97 млрд рублей. Однако согласно проекту закона, финансирование программы в 2016 году будет снижено до 6,6 млрд рублей (сокращение на 22,5%), в 2017-м – до 7,4 млрд рублей (на 13,3%) и в 2018-м – до 8,747 млрд рублей.

Это сокращение связано со значительным снижением средств, выделяемых из доходов областного бюджета (за исключением денег, направляемых на реализацию территориальной программы ОМС) на сферу здравоохранения. Поэтому регион будет вынужден уменьшить и объем средств областного бюджета, направляемых на реализацию территориальной программы ОМС, на 4,6 млн рублей.

По ряду подпрограмм в 2016 году более чем вдвое сократятся также субсидии и субвенции из федерального бюджета. Начиная с 2016 года не будут выделяться федеральные средства на кадровое обеспечение системы здравоохранения, повышение квалификации медиков и фармацевтов. Сократятся вдвое, а с 2018 года вообще прекратятся, федеральные ассигнования по программе «Семь нозологий», расходов областного бюджета на эти цели не запланировано. Не предусмотрено со следующего года и выделение средств из какого-либо источника на пациентов с орфанными заболеваниями. По ряду направлений в педиатрии федеральные средства не перечислялись региону и в 2015 году.