Исполнение доходной части бюджета фонда за 2012 год составило 13,346 млрд рублей или 100,7%. Бюджет фонда по расходам исполнен на 14,49 млрд рублей, что соответствует 95,9%.  

Из бюджета фонда в 2012 году были профинансированы национальный проект «Здоровье», служба участковых врачей и дополнительная диспансеризация работающих граждан. На реализацию программы модернизации здравоохранения в 2012 году направлено более 3,5 млрд рублей. 

ТФОМС также финансирует привлечение молодых специалистов для работы в сельской местности. Единовременные компенсационные выплаты молодым врачам (из расчета 1 млн рублей на одного медработника) составили 58,4 млн рублей.