Представитель FDA Маргарет Гамбург объяснила, что агентство делает все возможное, чтобы тратить меньше, уже сокращены расходы на обучение и командировки сотрудников.  Она сказала, что согласно федеральному плану сокращения расходов, поступления в FDA будут сокращены на $209 млн.
Часть финансирования американский регулятор получает от американских налогоплатильщиков (ежегодно по $8 от каждого американца, всего $2,5 млрд.), но основной частью доходов является плата за рассмотрение заявок на новые препараты от фармацевтических компаний.
Предложенный на 2014 г. бюджет FDA составляет $4,7 млрд, что на $821 млн больше, чем бюджет 2012 г. Бюджет на 2013 г. еще не согласован.