Аудиторы обнаружили, что в учреждении созданы подразделения, не предусмотренные уставом учреждения: сектор эксплуатации санаториев, курортов и капитального строительства, сектор охраны труда и сектор пожарной безопасности и энергетической эффективности. В течение 2010-2012 гг. Минздрав республики направил учреждению 74,3 млн руб. на проведение мероприятий, не связанных с уставной деятельностью центра.
Бухгалтерская документация центра, как показала проверка, не учитывает научно-исследовательские работы, а также неисключительные права на объекты интеллектуальной собственности на сумму 3,8 млн руб.
Кроме этого, выборочно проверив начисление заработной платы, аудиторы зафиксировали нецелевое использование 473 000 руб. Фактически деньги направлялись на выплату премий работникам централизованной бухгалтерии. Штатное расписание центра было составлено без расчета необходимой численности сотрудников. Так, при средней утвержденной штатной численности 190 человек заполняемость штатов составляет 70%. Сумма,  сэкономленная по фонду заработной платы за счет средств бюджета направлялась на стимулирующие доплаты.
Медицинский информационно-аналитический центр, созданный в 2002 г., занимается сбором, обработкой и анализом медико-статистических и финансово-хозяйственных данных по учреждениям здравоохранения республики.