Согласно указу, у главы агентства может быть семь заместителей, в том числе один первый и один статс-секретарь – замруководителя. В структуре ведомства разрешено иметь до 15 управлений по основным сферам деятельности ФМБА.

Кроме того, в указе прописано, что предельная численность работников центрального аппарата агентства, за исключением охраны и обслуживающего персонала, не должна превышать 305 человек. Фонд оплаты труда сотрудников данной категории устанавливается в размере 572 тысяч рублей.

Максимально допустимое число работников территориальных органов ФМБА составляет 942 человека (персонал по охране и обслуживанию зданий не учитывается). Для оплаты их труда предусмотрено 830,4 тысячи рублей.

Владимир Путин 17 июня 2024 года подписал указ, согласно которому ФМБА перешло в ведение Президента России. С 2020 года агентство подчинялось Правительству РФ, до этого – Минздраву России. 

В деятельность ФМБА входят такие сферы, как оказание медпомощи, регулирование сферы донорства крови и ее компонентов, контроль здоровья работников, труд которых связан с опасными условиями. ФМБА в том числе оказывает медпомощь сотрудникам «Росатома», «Роскосмоса», а также  специалистам, участвующим в водолазных и кессонных работах.