Согласно постановлению Правительства РФ №1166 от 3 августа 2020 года, особая схема финансирования вводилась для медорганизаций, в которых в связи с пандемией были приостановлены диспансеризация, профилактические осмотры, а осуществление плановой медпомощи было ограничено.

Расходы таких клиник на оплату налогов и сборов, фонд оплаты труда, коммунальные услуги и содержание имущества компенсировались территориальными фондами ОМС (ТФОМС) без учета объема оказанной медпомощи. Остаток средств возвращался в бюджет ТФОМС.

Особенности работы медорганизаций в системе ОМС в 2020 году были утверждены другим постановлением правительства №432 от 3 апреля 2020 года. Документом плановая медпомощь в условиях дневного и круглосуточного стационаров, а также инструментальные (КТ, МРТ, УЗИ сердечно-сосудистой системы) и лабораторные исследования стали осуществляться исключительно по направлению врача поликлиники, к которой прикреплен пациент, либо региональным Минздравом или Депздравом.

В полном объеме по постановлению оказывается медпомощь пациентам с онкологическими заболеваниями, болезнями сердечно-сосудистой и эндокринной систем, а также по профилю «диализ». Одновременно власти субъекта получили право «увеличить сроки ожидания оказания медпомощи в плановой форме» по ОМС.

Чтобы сохранить стабильность финансирования клиник, ФФОМС и Минздрав ввели в апреле возможность медорганизациям запрашивать до 100% аванса за медпомощь, оказанную пациентам. Позже правительство выделило регионам из резервного фонда 47,5 млрд рублей на компенсацию расходов на лечение пациентов с COVID-19 и тестирование на коронавирус, а также потерь, связанных с ограничением плановой медпомощи.

В августе 2020 года ПП №432 было изменено – его положения, определяющие особенности реализации программы госгарантий, теперь работают в конкретном регионе до дня отмены на его территории ограничительных мер по обеспечению санитарно-эпидемиологического благополучия населения в связи с распространением COVID-19.