Информация об инфицированных медработниках должна вноситься в региональный сегмент системы местным минздравом либо ФМБА в течение одного дня с момента подтверждения COVID-19. В течение этого же времени с момента, когда медработник приступил к работе с больными коронавирусом, медорганизациям необходимо уведомить о личных данных получающего премию, о размере допвыплаты, основании для ее осуществления, а также внести сведения о самом медучреждении. В ресурс будут добавлены данные и о находящихся на карантине лицах.

Правительством также был расширен список ведомств, которые имеют доступ к сведениям единой системы. Информацию из ресурса смогут получить Федеральный фонд и территориальные фонды ОМС, Фонд социального страхования, Росгвардия, Аппарат правительства и Администрация Президента, а также «иные органы или организации», которые устанавливает федеральный оперштаб. Пользователем ресурса среди прочих является МВД России.

Информационная система, интегрированная в ЕГИСЗ и содержащая информацию о заболевших COVID-19, была запущена Минздравом РФ в начале апреля. Тогда же постановлением Правительства РФ №373 от 31 марта 2020 года были утверждены временные правила учета информации в ней. Одной из задач ресурса в ведомстве назвали исключение «возможности искажения статистики заболеваемости».

Ключевое правило гласит, что медорганизации всех форм собственности обязаны в течение двух часов с момента установления диагноза «COVID-19» направлять в систему данные о заболевшем и его обследовании. По запросу к тому же Минтрансом собирается информация о маршруте передвижения пациента.

Среди прочего в ЕГИСЗ попадают данные о смерти пациента с коронавирусом. По инструкции к регистру, лечившийся от COVID-19 пациент, если он умер, исключается из базы данных с указанием причины смерти, включая сведения о предварительном патологоанатомическом или судебно-медицинском диагнозе, информацию из медицинского свидетельства о смерти и данные о заключительном диагнозе.