На отсутствие «рычагов» влияния на деятельность региональных властей в сфере здравоохранения представители ведомства жаловались неоднократно. 

Например, в июне 2019 года министр здравоохранения РФ Вероника Скворцова просила премьер-министра РФ Дмитрия Медведева создать «вертикаль», так как сейчас ведомство не имеет права «даже согласовывать» действия региональных министров.

При случае Скворцова подсветила эту проблему конкретным примером, указав, что регионы неохотно используют рекомендованные Минздравом схемы расчета зарплаты врачей. В результате доля оклада долгое время не дотягивала до 40%, а сейчас составляет в среднем 50%. «Все остальное был абсолютный люфт, в общем, мутные деньги, которые абсолютно субъективно распределялись работодателем», – говорила она.

Путин поручил Правительству РФ до 1 октября 2019 года представить предложения «о совершенствовании отраслевой системы оплаты труда медицинских работников». При этом должны быть предусмотрены единая структура зарплаты медработников на всей территории страны, нормативы минимального должностного оклада медработника, единые правила установления надбавок и максимально допустимый уровень совместительства.

Не имея административной вертикали, Минздрав с 2017 года пытается выстроить вертикаль концептуальную – с помощью сети национальных медицинских исследовательских центров. Каждому из них накануне реализации нацпроекта «Здравоохранение» поручено курировать оказание медпомощи по своему профилю в масштабах страны.