Проект приказа по оплате труда руководителей ФГУП закрепляет за ФМБА полномочия по определению размеров должностных окладов и стимулирующих выплат. Оклад руководителя предлагается рассчитывать как кратную величину от средней зарплаты сотрудников предприятия. В зависимости от численности персонала он может составлять от пяти до восьми средних зарплат, причем конкретный размер будет закрепляться в трудовом договоре и не сможет превышать установленный лимит по соотношению зарплат руководства и работников.
Стимулирующие выплаты, говорится в проекте, устанавливаются в зависимости от результатов деятельности предприятия. Годовое вознаграждение руководителя может достигать до восьми должностных окладов при выполнении ключевых финансово-экономических показателей. При отсутствии чистой прибыли, наличии задолженности по заработной плате или выявленных нарушениях в закупках премирование не предусмотрено. В пояснительной записке подчеркивается, что реализация приказа не приведет к дополнительным расходам бюджета. При этом ФМБА приняло решение не проводить общественное обсуждение уведомления о подготовке данного приказа.
Второй проект приказа вводит единый порядок согласования с ФМБА крупных и финансово значимых сделок ФГУП. Под контроль подпадают заимствования, займы, поручительства, банковские гарантии, уступка требований, перевод долга, а также сделки с конфликтом интересов руководителей и операции с долями, вкладами и акциями. Для согласования сделки предприятие должно направить заявку через информационную систему ФМБА с расширенным пакетом документов, включая технико-экономическое обоснование, финансовую модель, план движения денежных средств и сведения об имуществе, передаваемом в залог.
Рассмотрение заявок предлагается осуществлять через специальную комиссию ФМБА с участием профильных подразделений агентства. Срок рассмотрения – до 15 рабочих дней, причем заключение договора или размещение закупочной документации допускается только после получения согласия ведомства. Отказ возможен в том числе при недостоверности сведений, неудовлетворительном финансовом состоянии предприятия или несоответствии сделки его уставной деятельности.
Оба проекта направлены на выстраивание единого подхода к управлению ФГУП, ограничение их финансовой автономии и прямую связь управленческих решений и доходов руководства с финансовой дисциплиной и контролем со стороны агентства. Эти изменения реализуются на фоне уже вступивших в силу корректировок в системе оплаты труда самого агентства: президент РФ Владимир Путин в начале февраля 2026 года утвердил изменения в указе от 2 июля 2024 года, в результате которых фонд оплаты труда центрального аппарата ФМБА был увеличен с 571,9 млн до 615,3 млн рублей, а территориальных органов – с 863 млн до 928,6 млн рублей в год.
Параллельно Правительство РФ в январе 2026 года скорректировало порядок заимствований ФГУП, подведомственных ФМБА, расширив для них возможности внутриведомственного финансирования. Теперь такие предприятия могут привлекать займы у других ФГУП агентства, что формирует механизм использования внутренних финансовых ресурсов ФМБА, притом что один из ФГУП – Центр ядерной медицины – был выведен из специального режима заимствований.
С июня 2024 года руководство деятельностью ФМБА осуществляет президент РФ Владимир Путин. Ранее, с января 2020 года, агентство подчинялось правительству.
