Согласно новому указу, ФОТ работников центрального аппарата ФМБА (до 305 человек) без учета персонала по охране и обслуживанию зданий увеличен с 571,859 млн до 615, 32 млн рублей. Фонд оплаты труда работников территориальных органов агентства (до 942 человек) без персонала по охране и обслуживанию зданий в расчете за год увеличен с 862,992 млн до 928,58 млн рублей.

В октябре 2025 года Правительство РФ утвердило постановление о расширении перечня территорий, где сотрудники ФМБА могут получить единовременные компенсационные выплаты при переезде на работу. Новые правила вступили в силу с 1 января 2026 года. Размер выплат варьируется в зависимости от категории территории: 1 млн рублей – для врачей и 0,5 млн рублей – для фельдшеров при переезде в малые населенные пункты, 1,5 млн и 0,75 млн рублей – для специалистов, направленных в труднодоступные регионы с неблагоприятными условиями, 2 млн и 1 млн рублей – для тех, кто приступит к работе в районах Крайнего Севера, на Дальнем Востоке или на территориях, входящих в перечень ФМБА.

В ноябре ФМБА разработало правки в свой Порядок предоставления компенсационных выплат некоторым медработникам подведомственных учреждений. Его предлагается дополнить сроком предоставления необходимых документов, основанием для отказа в выплате и возможностью однократно изменить место работы с сохранением полученной выплаты. В случае принятия документ начнет действовать с 1 января 2026 года.

Кроме того, в декабре ФМБА ввело надбавку к окладу своих работников на Крайнем Севере. В соответствии с обновленным приказом, доплату получат работники, заключившие трудовой договор не менее чем на три года. У учреждения должны быть необходимые средства в пределах ФОТ, а также кадровый дефицит в организации (менее 100% укомплектованности в предшествующем месяце).