Евгения Никонова в июле 2024 года задержали сотрудники ФСБ и МВД России. Дело возбудили в отношении нескольких должностных лиц Минздрава Хабаровского края и других фигурантов по ч. 4 ст. 159 (мошенничество, совершенное организованной группой либо в особо крупном размере) и ч. 3 ст. 285 УК РФ (злоупотребление должностными полномочиями, повлекшее тяжкие последствия).

Затем в одно производство объединили еще шесть уголовных дел, среди них – возбужденное 15 августа 2023 года дело по предполагаемому факту дачи и получения взятки через посредника в особо крупном размере – по ч. 6 ст. 290 (получение взятки), ч. 5 ст. 291 (дача взятки), ч. 4 ст. 291 УК РФ (посредничество во взяточничестве).

Председатель СК РФ Александр Бастрыкин в начале декабря 2024 года сообщил, что следственные действия по делу о получении взяток в отношении Никонова завершены. Ему вменили получение 82 млн рублей от представителя неназванной группы компаний. Якобы Никонов получил деньги совместно с должностными лицами Дальневосточного центра лекарственного обеспечения и координации деятельности медицинских организаций, имена которых не раскрываются.

Как утверждал Бастрыкин, следователям удалось собрать доказательства, подтверждающие, что в 2021–2023 годах Никонов и должностные лица центра получили взятку за обеспечение заключения и исполнения учреждениями и органами здравоохранения Хабаровского края госконтрактов на поставку медоборудования. Свою вину Евгений Никонов не признает, на судебном заседании он заявил, что правоохранители никаких доказательств его причастности в ходе обысков не нашли. С момента задержания по решению суда экс-чиновник находится в СИЗО, меру пресечения неоднократно продлевали.

В апреле 2025 года по решению губернатора Хабаровского края Дмитрия Демешина позицию куратора здравоохранения занял вице-губернатор Артем Мельников.