К исключениям, когда экстренная помощь все же оплачивается ФФОМС, относятся случаи лечения в федеральных центрах ЗАТО, принадлежащих Управделами Президента РФ, Минобороны, МВД и МЧС, а также оказанные научными медорганизациями и медвузами по определенным профилям. Также в бюджет ФФОМС входит экстренная помощь, оказанная во время уже состоявшейся госпитализации пациента.

Оплата остальной ургентной медпомощи, включая пациентов из других регионов, является обязанностью территориальных фондов ОМС. Отдельно ФФОМС сделал акцент на недопустимости отказа в компенсации лечения, даже если федмедцентр не попал в региональную маршрутизацию по определенной «экстренной» нозологии.

Несмотря на то что федеральные клиники и медвузы перешли (в основном) на одноканальное финансирование от ФФОМС с 2021 года, для них осталась возможность участвовать в терпрограммах ОМС регионов и в том числе получать деньги по межтерриториальным расчетам. Анализ Аналитического центра Vademecum показывает, что федцентрам в 2021–2023 годах регионы распределяли не только объемы на экстренную медпомощь, но и плановые квоты на ВМП базовой программы ОМС, хотя объемы такого лечения, по сравнению с основными от ФФОМС, минимальны.

Представители клиник и регионов подтвердили Vademecum, что это необходимо как раз для сохранения региональной маршрутизации пациентов.

Начиная с 2021 года федеральным клиникам ежегодно индексируют объемы финансирования базовой программы ОМС – в 2021–2024 годах объем средств вырос с 119,4 млрд рублей до 213,7 млрд рублей в год.

В начале 2024 года Минздрав разработал поправки в Правила распределения объемов ОМС для федеральных медцентров для сохранения их финансовой устойчивости и «сбалансированности» бюджета этого сегмента в целом. Например, предложено оперативно перераспределять выделенные объемы для покрытия дефицита.