Суд принял решение 25 мая 2023 года. В отношении имущества клиники начато конкурсное производство, а сама она будет вынуждена прекратить работу.

АНО «Клиника НИИТО» создано в 2000 году, его единственным учредителем выступил ННИИТО им. Я.Л. Цивьяна. Специально для медучреждения в центре Новосибирска компания «Техинком» построила 10-этажное здание со стационаром, которое клиника арендовала. Общая сумма инвестиций в проект оценивалась в 1,2 млрд рублей.

Отношения между ННИИТО и АНО «Клиника НИИТО» обострились после смены руководства головного института в феврале 2018 года. Тогда в отношении Михаила Садового, руководившего ННИИТО им. Я.Л. Цивьяна с 2006 года, было возбуждено уголовное дело по ч. 4 ст. 160 УК РФ (присвоение или растрата в особо крупном размере). Садовой ушел со своего поста, а ННИИТО возглавила и. о. директора Ирина Кириллова. Тогда же в число соучредителей клиники вошли директор АНО Оксана Шелякина, гендиректор «Техинкома» Николай Фомичев, а также депутаты Заксобрания Новосибирской области Александр Аксененко и Игорь Гришунин.

Осенью 2018 года сотрудники АНО «Клиника НИИТО» обратились к губернатору Новосибирской области и депутатам Законодательного собрания с открытым письмом, в котором рассказали о попытках руководства ННИИТО поставить институт под свой контроль, и поделились опасениями о возможном рейдерском захвате здания клиники. В результате в ноябре 2019 года Минздрав вновь сменил руководство ННИИТО, назначив исполняющим обязанности директора Андрея Корыткина.

В конце декабря 2019 года депутаты Заксобрания Игорь Гришунин и Александр Аксененко после публичной просьбы Корыткина вышли из состава учредителей клиники. По сообщениям региональных СМИ, помимо этого новый директор призвал вернуть здание клиники головному учреждению.

В апреле 2020 года компания «Логистикмед» подала в Новосибирский арбитражный суд иск о банкротстве АНО «Клиника НИИТО» из-за долга в 24,4 млн рублей. Право на долг ей переуступило ООО «Техинком»: клиника осталась должна эту сумму за поставки металлоконструкций в 2012–2017 годах на общую сумму 293,5 млн рублей, большая часть из которой была выплачена. В клинике опасались, что из-за процесса могут лишиться здания.

В мае 2020 года Клиника НИИТО сообщила о требовании со стороны следователя ФСБ передать на ответственное хранение медоборудование головному институту в качестве вещественного доказательства по уголовному делу о хищениях, которое ведется в отношении экс-директора института Михаила Садового, что сделало бы оказание медпомощи невозможным. В июне 2020 года часть оборудования была передана на ответственное хранение головному ННИИТО им. Я.Л. Цивьяна. Параллельно институт проводил активную работу по найму сотрудников Клиники НИИТО в головной ФГБУ.

В октябре 2021 года Клиника НИИТО объявила о намерении пройти процедуру банкротства. Долги АНО составляют 78,6 млн рублей, кредиторами компании выступают поставщик «ЛогистикМед» с суммой задолженности 24,9 млн рублей, «Техинком» с суммой задолженности 33,3 млн рублей и дистрибьютор МИ «Медицинский интегратор» с объемом претензий на 20,3 млн рублей. Все долговые обязательства датируются 2012–2017 годами.

В декабре 2021 года Арбитражный суд Новосибирской области инициировал процедуру банкротства и ввел наблюдение в АНО «Клиника НИИТО» до 1 мая 2022 года.

В январе 2022 года Арбитражный суд Новосибирской области включил «Русфонд» в перечень кредиторов с суммой 50 млн рублей. В АНО «Клиника НИИТО» рассчитывали погасить долги и продолжить оказание медпомощи. «Мы планируем рассчитаться с долгами и надеемся выйти из процедуры банкротства, – заявлял в январе 2022 года директор АНО «Клиника НИИТО» Андрей Башаров. – Главное – сохранить медицинскую деятельность клиники».