Андрей Кудряков попал в поле зрения следственных органов в июле 2019 года после проверки регионального ТФОМС, обнаружившего нецелевое использование 18,4 млн рублей. Деньги выделялись терфондом на долечивание пациентов областного онкоцентра (входит в структуру «Медицинского города»), но тратились на их размещение в гостинице «Море», не располагавшей необходимыми для оказания медпомощи условиями.

В августе 2019 года ТФОМС обратился в Арбитражный суд Тюменской области с иском о взыскании 18,4 млн рублей с «Медицинского города». В июле 2020 года иск был удовлетворен – Арбитражный суд Тюмени обязал «Медицинский город» выплатить терфонду деньги, потраченные не по назначению.

Между тем областная прокуратура организовала в медцентре собственную проверку и обнаружила, что в 2017-2018 годах главный бухгалтер и главный экономист медучреждения, действуя вместе с другими лицами, необоснованно ежемесячно начисляли подчиненным доплаты. Впоследствии эти денежные средства передавались главному бухгалтеру и главному экономисту, которые распоряжались ими по своему усмотрению. Таким образом было похищено более 29 млн рублей. По данному факту было возбуждено уголовное дело по ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество в особо крупном размере), однако расследование было приостановлено в связи с «отсутствием реальной возможности участия обвиняемой в уголовном деле».

На фоне разбирательств Кудряков в конце 2019 года был уволен из МКМЦ, но тут же был назначен председателем Тюменского регионального медицинского общества, где работает и сейчас. Уголовное дело в отношении него было передано в Калининский районный суд Тюмени в сентябре 2020 года.

Андрей Кудряков возглавлял «Медицинский город» с 2013-го по 2019 год, пока его не сменила Елена Неверова, ранее занимавшая должность заместителя главврача МКМЦ. В январе 2022 года «Медицинский город» возглавил хирург-онколог Расим Тамразов.