Советский районный суд Новосибирска в апреле 2022 года конфисковал квартиру Покушалова в Академгородке Новосибирской области, которую, по данным региональной прокуратуры, врач купил за 37 млн рублей (неподтвержденные доходы) и затем оформил на родственницу. Также суд изъял автомобиль Mercedes-Benz S-Class S 500 4MATIC стоимостью 8,9 млн рублей. Помимо этого, у Покушалова конфисковали деньги – 1,5 млн рублей, $359,9 тысячи и 11,9 тысячи евро.
В марте 2021 года Советский райсуд Новосибирска также удовлетворил иск прокуратуры об изъятии другой недвижимости Покушалова. В доход РФ была обращена квартира стоимостью $1,28 млн в районе Бруклин (Нью-Йорк, США). В июле того же года Новосибирский областной суд конфисковал квартиру в США стоимостью $1,3 млн, зарегистрированную на компанию One Hanson Place 16G LLC, совладельцем который являлся Покушалов.
Сам Евгений Покушалов в настоящее время находится в колонии общего режима ИК-3 в Новосибирске по обвинению в хищении в составе группы 1,9 млрд рублей при госзакупках в НМИЦ им. Е.Н. Мешалкина. Центральный районный суд Новосибирска начал рассматривать дело в середине июля 2021 года, Покушалов признал вину и раскаялся. Его обвиняли по ч. 4 ст. 160 УК РФ (растрата с использованием своего служебного положения, совершенная организованной группой, в особо крупном размере).
По версии следствия, Евгений Покушалов в 2015–2018 годах вместе с другими фигурантами дела – бывшим директором НМИЦ Александром Караськовым, его супругой, руководителем организационно-клинической службы центра Ириной Бойцовой и главами нескольких компаний – создали для ряда юрлиц условия для победы на аукционах, по которым НМИЦ закупал различные медицинские товары. Таким образом, убеждены в СК, были похищены 1,9 млрд рублей.
Покушалов был задержан сотрудниками ФСБ в феврале 2019 года, в апреле его перевели из СИЗО под домашний арест. В конце этого же года фигуранты дела перечислили Минздраву Новосибирской области более 960 млн рублей в качестве компенсации за нанесенный ущерб. После этого Покушалов заключил с прокуратурой досудебное соглашение о сотрудничестве и был отпущен под подписку о невыезде в феврале 2020 года.
В октябре 2021 года прокуратура запросила для Покушалова 3,5 года колонии. В начале ноября того же года Центральный районный суд Новосибирска приговорил врача к 2,5 года колонии общего режима со штрафом в размере 400 тысяч рублей. Дело Покушалова рассматривалось в суде отдельно, процесс в отношении других фигурантов начался в марте 2022 года и еще продолжается.
В феврале 2022 года Евгений Покушалов пытался обжаловать приговор. Суд оставил решение в силе, но зачел в срок заключения время, которое врач провел в СИЗО со дня оглашения приговора до вступления его в законную силу – 4,5 месяца. Кроме того, защита осужденного предоставила документы о выплате Покушаловым назначенного штрафа. В конце августе Восьмой кассационный суд общей юрисдикции оставил в силе приговор Центрального районного суда Новосибирска.
